Seção Colonial / Provincial - Nesta seção estão os documentos referentes à Bahia, como as Ordens Régias, as Provisões, os Alvarás, as Cartas de Alforria: levantes e a vida em geral dos escravos na Bahia. Existem ainda:
Documentos da Assembléia Legislativa Provincial (de 1835 a 1837),
Registros Eclesiásticos de Terras ( Banco de dados em construção),
Tombo da Casa da Ponte (Banco de dados em construção),
Tombo da Casa da Torre (Banco de dados em construção)


Seção de Arquivos Judiciários - Na Seção Judiciária estão os Processos Crimes, Cíveis e Inventários desde o período Colonial, abrangendo também outros municípios da Bahia, além dos Livros de Notas de cartórios da capital e do interior do Estado.
Autos Cíveis I (Banco de Dados em construção)
Autos Cíveis II (Banco de Dados em construção)
Autos Crimes (Banco de Dados em construção)
Escrituras (Banco de Dados em construção)
Certidões de nascimento e de óbito (Banco de Dados em construção)
Testamentos (Banco de Dados em construção)
Ordens Régias (Banco de Dados em construção)


Seção de Arquivos Republicanos - Na Seção Republicana, entre outros documentos, estão os referentes às Secretarias de Estado, Processos, Títulos de Terras, Documentos e Marcas de Fábrica da Junta Comercial, Entrada e Saída de Passageiros no Porto de Salvador, Documentos do Senado Estadual.
Processos de Terras (Banco de dados em construção)
Processos de Aposentadoria (Banco de dados em construção)
Jornais (Banco de dados em construção)


Seção Fazendária / Alfandegária - Reúne documentos relativos a questões econômicas, fiscais e aduaneiras entre os séculos XVIII e XX.
Manifestos (Banco de Dados em construção)
Registros de Guardamoria (Banco de Dados em construção)
Termos de Entrada,Balanços Arrecadação e Vistoria (Banco de Dados em construção)
Entrada e saída de Mercadorias (Banco de Dados em construção)
Arqueação (Banco de Dados em construção)


Seção de Arquivos Privados - abriga documentos referentes a personalidades de destaque Bahia, a exemplo de Wanderley Pinho, Góes Calmon, Marieta Alves além de fotografias da cidade do Salvador e arquivo referente ao Empório Industrial do Norte (antiga fábrica Luís Tarquínio).